Ngay từ khi ra đời, học thuyết tiến hóa của Darwin đã chịu sự công kích dữ dội từ những nhóm phản đối, đặc biệt là các nhóm tôn giáo (Thiên Chúa giáo, Hồi giáo), bởi học thuyết này chỉ ra rằng loài người cũng chỉ là một sản phẩm của tiến hóa, là một giống loài như bao giống loài khác chứ không phải là "sáng tạo cao siêu, đặc biệt" của Thượng Đế như các tôn giáo này tin tưởng. Chúng được gọi là các cuộc chống đối thuyết tiến hóa, và cho tới bây giờ thì các nhóm tôn giáo này vẫn tìm cách phủ định học thuyết Darwin.

Tuy nhiên ngày nay, thuyết tiến hóa đã được công nhận rộng rãi bởi cộng đồng khoa học.[13] Các nhà khoa học nhìn chung đã chấp nhận tiến hóa là một thực tế khoa học khi có rất nhiều bằng chứng về tiến hóa đã được khám phá: việc quan sát thấy các quá trình tiến hóa đang diễn ra trong tự nhiên (tiêu biểu là sự xuất hiện các loài côn trùng mới có thể kháng thuốc trừ sâu), các hóa thạch về chuỗi tiến hóa của các loài trong quá khứ do ngành cổ sinh vật học khám phá (tiêu biểu là việc tìm ra hóa thạch của một loạt các dạng người vượn Australopithecus, Homo habilis, Homo erectus - là bằng chứng cho thấy loài người thực sự đã tiến hóa từ vượn cổ), sự khám phá ra gien di truyền (ADN) của ngành di truyền học, và sự ra đời của Thuyết tiến hoá tổng hợp (đôi khi gọi là học thuyết Darwin mới).[14]